不同版本参考基因组的位置坐标转换
在使用参考基因组时，经常会遇到一些版本的问题，比如使用注释文件和bed文件时，不同版本的位置坐标不能直接使用，这时候，我们就需要对坐标进行转换，这里记录下一些常用的坐标转换工具：
| 类型 | 支持格式 | 地址 | 推荐指数 | |
|---|---|---|---|---|
| Liftover | 在线 | bed | http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver | 一般 |
| Liftover | 本地 | bed和gff | http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver | 推荐 |
| Remap | 在线 | hgvs，bed，gvf，gff，gtf，Text ASN.1，Binary ASN.1，UCSC Region和VCF | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap | 推荐 |
| CrossMap | 本地 | SAM/BAM,，Wiggle/BigWig， bed， gff/gtf，VCF | http://crossmap.sourceforge.net/ | 推荐 |
| picard | 本地 | interval和VCF | http://broadinstitute.github.io/picard/ | 推荐VCF转换 |