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循证医学官网：肿瘤二代测序临床报告解读共识
肿瘤二代测序临床报告解读共识.pdf
随着新型治疗药物的研发以及多学科综合治疗模式的优化，传统的病理分型及检测方法已经不足以满足临床需求，二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国肿瘤医生常用的检测手段。为进一步协助临床医生理解临床靶点或驱动基因相关变异注释及解读、梳理 NGS 报告的逻辑、提升抓取关键信息，二代测序临床报告解读肿瘤学专家组对国内外 NGS 检测最新进展进行认真分析、讨论和总结，在《二代测序临床报告解读指引》基础上增加部分 NGS 报告解读示例，同源重组缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）及微小/分子/可测量残留病灶（minimal/molecular/measurable residual disease，MRD）相关内容解读，制定了《肿瘤二代测序临床报告解读共识》，最终帮助临床医生做出正确的临床决策。
目前有多个循证分级系统可用于指导基因体细胞变异的临床解读，包括 2017 年美国分子病理学协会（Association for Molecular Pathology，AMP）/美 国 临 床 肿 瘤 学 会（American Society of ClinicalOncology，ASCO）/美 国 病 理 学 家 协 会（College ofAmerican Pathologists，CAP）联合制定的体细胞变异解读指南；2018 年欧洲肿瘤内科学会（EuropeanSociety for Medical Oncology，ESMO）发 布 的 分 子靶 点临床可操作性量表（ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets，ESCAT）；以及纪念斯隆⁃凯特琳癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center，MSKCC）的 精 准 医 疗 肿 瘤 数 据 库（Precision Oncology Knowledge Base，OncoKB）证据等级规则。总体而言，无论哪个分级系统都遵循一些共性原则，包括循证、跨癌种处理等，故其中并无优先推荐者。临床医生在阅读 1 份 NGS 报告时应先了解其变异解读依据的证据分级原则及其采用知识库的局限性，以帮助自己更好的理解报告内容。
根据 2017 年 AMP/ASCO/CAP 联合制定的体细胞变异解读指南［6］，体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为 4 个等级：
- A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；
- B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；
- C 级，其他癌种中的 A 级证据（跨适应证用药）、或已作为临床试验的入组标准；
- D 级，临床病例报道或临床前证据支持。
体细胞变异对特定肿瘤的诊断及预后价值，亦给出相应分级：
- A 级，专业指南中定义的特定肿瘤的诊断预后因子 ；
- B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；
- C 级，多项小型研究支持其诊断/预后价值；
- D 级，小型研究或个案报道提示其辅助诊断/预后价值（独立或联合其他标志物）
基因变异按照其临床意义的重要性分为 4 类变异：
- Ⅰ类变异，有重要的临床意义，具有 A 级或B 级证据；
- Ⅱ类变异，有潜在的临床意义，具有C级或 D 级证据；
- Ⅲ类变异，临床意义不明；
- Ⅳ类变异，无害或可能无害，
该体细胞变异解读指南在国内影响范围最广，许多第三方 NGS 检测公司的临检报告即遵循该指南的分级原则对基因变异进行解读，详见表1
一份结构化循证报告的背后，需要基于特定逻辑建立临床解读知识库框架，并通过对开源知识库及海量科学文献的信息甄别、分级、编辑，不断完善机构内部临床解读知识库。通过生物信息分析流程将基因变异识别、注释、过滤后，可报告变异进入临床解读知识库进行变异、癌种、证据匹配，形成可读的结构化 NGS 临床报告［9］，最终对其进行解读及实施临床决策，NGS 报告解读决策树详见图2
同时文中还针对下列问题进行了说明：
- 针对“全阴报告”的解读逻辑
- 针对 NGS 报告中基因融合、外显子跳读突变检测的说明与突变丰度及拷贝数的解读逻辑
- 基于组织样本的NGS检测，突变频率的解读方式
- 基于外周血cfDNA的NGS检测
- 基于外周血ctDNA MRD的检测
- 针对单个变异对比多基因多变异的解读逻辑
- 胚系突变分级注释
- NGS可报告的基因组标签
- 肿瘤突变负荷
- 微卫星不稳定性
- 同源重组修复缺陷
- 可报告范围及质量控制