R绘图-ggplot-箱线图绘制

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数据处理过程中，好的数据展示，可以帮助我们更好的理解数据，发现数据之间的关系，记录下各种常见的绘图方式。

结果示例

箱线图上方标注的为每个样品对应的中位数，可以根据需要进行调整。

绘图命令

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Rscript ../ggplot_boxplot.R -i ggplot_boxplot.demo.data -o ggplot_boxplot.demo.data.png -X "gene" -Y "depth"

输入文件

Demo数据
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Cluster Value   ID
KIT	0.85192541182175	1
KIT	0.864711404642792	1
KIT	1.12599180249189	1
KIT	0.634586693569092	1
KIT	1.16825284052483	1
KIT	0.68284662568039	1
KIT	0.579859358706082	1
KIT	1.04258938018236	1
KIT	0.753529870275851	1
KIT	0.806402805442452	1
KIT	0.951605801848777	1
KIT	0.941741338875395	1
KIT	0.880335826035274	1
KIT	0.998844046813315	1
。
。
。
。
BRCA1	1.20329612016347	2
BRCA1	1.16319047052218	2
BRCA1	0.779834117567836	2
BRCA1	0.79095228570136	2
BRCA1	0.835548863196455	2
BRCA1	1.52532474830366	2
BRCA1	1.13679352537476	2
BRCA1	0.598936767501402	2
BRCA1	1.1724422960551	2
BRCA1	0.924227501396964	2
BRCA1	0.691209808851361	2
BRCA1	0.73454091210198	2
。
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程序目录

R脚本
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library('getopt');
library ('ggplot2')
library(MASS)
library(plyr)

#-----------------------------------------------------------------
# getting parameters
#-----------------------------------------------------------------
#get options, using the spec as defined by the enclosed list.
#we read the options from the default: commandArgs(TRUE).
spec = matrix(c(
	'help' , 'h', 0, "logical",
	'infile' , 'i', 1, "character",
	'outfile' , 'o', 1, "character",
	'title' , 'T' , 2 , "character",
	'x.lab' , 'X', 2, "character",
	'y.lab' , 'Y', 2, "character",
	'type' , 't', 2, "character"
	), byrow=TRUE, ncol=4);
opt = getopt(spec);

# define usage function
print_usage <- function(spec=NULL){
	cat(getopt(spec, usage=TRUE));
	cat("Usage example: \n")
	cat("
Rscript ggplot_boxplot.R  -i input_tab   -o Demo_out -t png  -X xtest -Y ytest -W 100 -H 100

    infile format：
        Cluster	Value	ID
        Clus_A  0.51    1
        Clus_A  0.31    1
        .
        .
        .
        Clus_Z  0.42    21
        Clus_Z  0.72    21

Options: 
--help		-h 	NULL 		get this help
--infile 	-i 	character 	the input file			[forced]
--outfile 	-o 	character 	the prefix for output graph	[forced]
--title 	-T 	character 	the Title for the picture	(default:Title)
--x.lab 	-X 	character 	the lab for x in SubPlot	(default:xlab)
--y.lab 	-Y 	character 	the lab for y in SubPlot	(default:ylab)
--type 		-t 	character 	save format(png,tiff,jpeg,svg,pdf  default:png)

\n")
	q(status=1);
}

# if help was asked for print a friendly message
# and exit with a non-zero error code
if ( !is.null(opt$help)  )  { print_usage(spec) }
if ( is.null(opt$infile) )  { print_usage(spec) }
if ( is.null(opt$outfile))  { print_usage(spec) }
if ( is.null(opt$type)   )  { opt$type="png" }
if ( is.null(opt$x.lab)  )  { opt$x.lab="xlab" }
if ( is.null(opt$y.lab)  )  { opt$y.lab="ylab" }
if ( is.null(opt$title)  )  { opt$title='Title'}




Args <- commandArgs();
file_tab=read.table(opt$infile,header=F,sep="\t");
out_file=paste(opt$outfile,opt$type,sep=".")
if(opt$type == "png")  { png(file=out_file)  } #, 400*length(file_tab[1,]) , 400*length(file_tab[,1])) }
if(opt$type == "tiff") {tiff(file=out_file)  } #, 400*length(file_tab[1,]) , 400*length(file_tab[,1])) }
if(opt$type == "jpeg") {jpeg(file=out_file)  } #, 400*length(file_tab[1,]) , 400*length(file_tab[,1])) }
if(opt$type == "pdf")  { pdf(file=out_file)  } #,  20*length(file_tab[1,]) ,  20*length(file_tab[,1])) }


data=read.table(opt$infile ,header=T)
data2=ddply(data,"Cluster",summarise,Median=round(median(Value),3))
ggplot(data,aes(x=reorder(Cluster,Value),y=Value,fill=Cluster)) +
geom_boxplot() +
theme(panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"),axis.title.x=element_text(size=25), axis.title.y =element_text(size=25), title=element_text(size=25), axis.text.x=element_text(angle=30,hjust=1,size=15))+ #设置x轴，数据标签的样式
labs(x=opt$x.lab ,y=opt$y.lab) +    # 设置x轴和y轴现实的标注
geom_text(data=data2,aes(x=Cluster,y=2.5,colour=Cluster,label=Median,vjust=-0.2)) + # 在y=2.5的位置添加标签批注
coord_cartesian(ylim=c(0,3))        # 对绘制的图片 根据x轴和y轴进行截取

####
#ggplot(data,aes(x=reorder(Cluster,Value),y=Value,fill=Cluster)) +

### 绘图类型 ###
#geom_boxplot() +    # 绘制箱线图

### 样式 ###
#theme(panel.grid.major =element_blank(),    # 去除主网格线
#panel.grid.minor = element_blank(),         #去除次网格线
#panel.background = element_blank(),         #去除背景色（默认为灰色）
#axis.line = element_line(colour = "black")，#将x轴和y轴的框线设置为黑色
#axis.title.x=element_text(size=25),         #设置x轴的标题样式
#axis.title.y =element_text(size=25),        #设置y轴的标题样式
#title=element_text(size=25),                #设置主标题样式
#axis.text.x=element_text(angle=30,hjust=1,size=15)) +  #设置x轴，数据标签的样式

### 设置坐标轴标注 ###
#labs(x=opt$x.lab ,y=opt$y.lab) +    # 设置x轴和y轴现实的标注

### 添加标签 ###
#geom_text(data=data2,aes(x=Cluster,y=2.5,colour=Cluster,label=Median,vjust=-0.2)) + # 在y=2.5的位置添加标签批注

### 对图片进行截取 ###
#coord_cartesian(ylim=c(0,3))        # 对绘制的图片 根据x轴和y轴进行截取
dev.off()
-------------本文结束感谢您的阅读-------------