WDL - 撰写语法

版本

和其他编程语法一样，WDL也存在不同版本间的语法差异，因此在使用WDL进行流程撰写时，需要明确参考的版本规范
draft-3
v1.0
v1.1 截止202301，cromwell还不支持该版本。
所以后文语法如无特殊标准，均基于 WDL v1.0 版本。

内置函数

输入输出：stdout, stderr,read_tsv

• stdout()函数用于捕获command中命令生成的标准输出。
• stderr()函数用于捕获command中命令生成的标准报错。

stderr比stdout更常用，更多用于捕获warning信息

信息获取类：defined, glob, basename, select_first

• 文件读入：read_tsv, read_json, read_lines

• 文件输出：write_tsv, write_lines

  # json file: person.json
  {
      "name":"John",
      "age":42
  }
  
  # WDL read
  workflow demo{
      File json_file = "person.json"
      Object p = read_json(json_file)
      ...
      call record{
          input:
              name = p.name,
              age = p.age
      }
  }

• glob：获取某一类型文件，返回文件数组

• defined：判断变量是否被定义，返回布尔值True/False
• select_first：输入为数组，返回首个不为空的元素。很重要的函数！
• size: 计算文件大小，资源动态适配中的重要函数，示例 size(Merge_Bam, "GB")
• ceil: 向上取整数， 示例 ceil(1.2) 返回 2