Python包-Numpy记录

模块的安装

1	pip install pyvcf

安装可能的异常记录

Error1

pyvcf的最新版（0.6.8）安装需要使用use_2to3 （在setuptools>=58 后不支持该参数）
所以需要对setuptools进行版本调整，过高过低都会出现该参数缺失无法变异的情况。

1	pip install setuptools==57.5.0

Error2

安装报错

1 2	unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

环境先安装x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc（ conda install gxx_linux-64）在安装相关模块

VCF文件的读写

import vcf

#读取vcf文件 
vcf_reader = vcf.Reader(open('vcf/test/example-4.0.vcf', 'r'))
for var in vcf_reader:
  print (var)

# 写入vcf文件
vcf_writer = vcf.Writer(open('/dev/null', 'w'), vcf_reader)
for var in vcf_reader:
    vcf_writer.write_record(var)

vcf文件迭代子类的属性

Record.CHROM 
Record.POS
Record.ID
Record.REF
Record.ALT
Record.QUAL
Record.FILTER
Record.INFO # 返回一个字典，可以用Record.INFO['type'],Record.INFO['DP'] 键值继续提取

Record.FORMAT  #返回format列 字符串  如果你的vcf文件中没有FORMAT 返回 "GT:DP:RO:QR:AO:QA:GL"
Record.genotype("cancer")["AD"] # 通过样本名称和FORMAT 索引获得样本对应信息。


print i.samples  # 返回的是三个样 call object 组成的列表。

常用信息

1	cpra = Record.CHROM+"_"+Record.POS+"_"+Record.REF+"_"+Record.ALT