Python-包-包管理器Conda

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Conda安装和卸载

Conda安装

下载相应的安装sh 示例如下:
更多发行版本获取

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.0-Linux-x86_64.sh #(下载Anaconda的Linux版本)
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh #(miniConda)
bash Anaconda3-5.0.0-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc  #更新环境变量

mamba安装

conda的一个优化插件，可以大幅度提高安装速度

conda install  -c conda-forge -c bioconda  mamba

Conda配置

镜像管理

• 备选镜像清单

  # 添加清华的Conda镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  conda config --add channels defaults
  conda config --add channels conda-forge
  conda config --add channels bioconda
  
  # 阿里云
  conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 北京外国语
  conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 北大镜像
  conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 哈工大
  conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 南京大学
  conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 北京交通大学
  conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  
  # 西安交通大学
  conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

• 删除某个镜像

  conda config --remove channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

• 删除所有镜像

  conda config --remove-key channels

Conda卸载

修改~/.bash_profile中的环境变量，去除家目录中隐藏的.condarc文件.conda文件和.continuum目录

rm -rf ~/miniconda
rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

Conda使用

环境管理（conda env）

命令	功能
conda env list	列出所有Conda的环境
conda info -e	列出所有的conda环境
conda env create	创建环境
conda env create -f *.yaml	基于配置文件创建环境
conda create -n $env_name [package]	创建conda环境，同时安装相关的package（可选）
conda remove -n env_name –all	删除环境
source activate \$env	切换环境
source deactivate \$env	退出环境

包管理

命令	功能
conda list	查看已经安装的包
conda list -n \$env	查看环境\$env中安装的包
conda search	查看可用的软件包
conda install < package>=x.x	安装x.x版本的package
conda install < package>=x.x -y/–yes	直接安装x.x版本的package，不在询问

• 更新conda环境
  conda update conda

• 创建环境
  conda create -n ENV_Demo package1 package2 package3；
  创建一个名为ENV_Demo的环境，并在环境中安装 package1 package2 package3 三个软件包

• 激活环境
  source activate ENV_Demo

• 退出环境
  source deactivate ENV_Demo

虚拟环境的GCC升级

conda install -c moussi gcc_impl_linux-64
ln -s /share2/home/anconda3/envs/my_env/libexec/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/gcc /share2/home/anaconda3/my_env/bin/gcc
conda install gcc_linux-64
conda deactivate
conda activate my_en
gcc -v

常见安装

# 安装 perl
conda install  -c conda-forge   perl=5.22  
# 安装 R 
conda install -c conda-forge r-base