docker - 常用命令

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Docker is a platform that allows you to “build, ship, and run any app, anywhere.”

常用命令

docker相关常用命令

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sudo systemctl start docker #启动docker
systemctl restart docker.service #重启docker
docker version 	#查看 docker 版本
docker info		#显示 docker 系统信息（容器情况、镜像情况等  ）
docker –help	#显示所有命令
docker login/logout   # 登录、退出Docker账号
docker  ps -a　# 查看所有容器；
docker search keyword # 从Docker Hub中搜索相关镜像
docker top # 查看容器中正在运行的进程

镜像相关常用命令

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===== 查看镜像 
# 查看本地镜像列表
docker images  
# 查看镜像制作过程
docker history 

===== 获取镜像 
# 从配置的仓库下载镜像 
docker pull <name:tag> 
# 获取指定版本的镜像
eg: docker pull centos:centos7  
# 默认获得最新版本（latest）
eg: docker pull centos  

===== 创建镜像(DockerFile)
docker build <Path>  \  # Path为包含DokcerFile的目录
-f  python.dockerFile   #若DockerFile的文件名不是默认名称则需要说明

===== 创建镜像(快照)
docker load # 通过tar包，导入镜像
# 通过镜像tar（save创建）包导入镜像库
eg: docker load -i python.dockerimage.tar 
# 从容器快照文件(export创建的tar) 导入到镜像库
docker import ubuntu.tar ubuntu:v1 

===== 重命名镜像
# 对镜像进行从命名
docker tag <镜像ID> <newname:newtag> 

===== 保存镜像
docker save  <镜像ID> #  将镜像保存到一个tar包
eg: docker save  python:latest -o python.tar

===== 上传镜像
docker push <name:tag> # 推送镜像到远程仓库
eg: eg: docker push benair/pancancer:v0 

===== 删除镜像
docker rmi <镜像ID>
eg: docker rmi -f  ae9660359c2ad

``` 

## 容器相关常用命令
```shell
===== 查看容器
$ docker ps  #查看运行中的容器
CONTAINER-ID   IMAGE          COMMAND        CREATED          STATUS           PORTS                               NAMES
5917eac21c36   ubuntu:15.10   "/bin/bash"    52 minutes ago   Up 52 minutes    sweet_agnesi

# 查看容器的内容变更
docker diff <CONTAINERID> 
# 查看特定任务的日志文件
$ docker  logs <CONTAINERID> 
# 用于查看容器的配置信息，包含容器名、环境变量、运行命令、主机配置、网络配置和数据卷配置等。
docker inspect <CONTAINERID> 

===== 启动容器
docker run <镜像ID>/<name:tag> # 通过特定镜像启动一个容器
eg: docker run \
-d \  # -d 后台启动一个容器 
-it \  # -it 交互式启动容器  
-v /share:/share \ # -v 将宿主机的目录挂载的容器内部（实现文件的交互）； 
-u root \  # -u 指定登陆容器后的用户名称 
-p 80:80 \  # -p 对宿主机和容器的端口建立映射
-H hostname  \  # -H 制定容器的主机名称
--name centos \  # --name 制定容器的名称
centos:centos7  \  # 启动的容器镜像
/bin/bash   # 启动容器后，执行的命令

eg: docker run -it
===== 进入容器
docker attach/exec 
# attach 进入容器后，如果退出容器会导致容器停止
eg:  docker attach <镜像ID>/<name:tag>  
# exec 进入容器后，如果退出，容器不会停止
eg:  docker exec -it <镜像ID>/<name:tag>  /bin/bash 

===== 退出容器
# 交互状态中镜像中运行exit 或者使用 ctrk+d 退出容器
$  exit

===== 容器内文件交互
# 将文件从容器拷贝到宿主机
docker cp <CONTAINERID>:/FilePath  /FilePath    
# 将文件从宿主机拷贝到容器
docker cp /FilePath  <CONTAINERID>:/FilePath

===== 删除容器 docker rm
# 删除指定容器,删除容器前需要确定容器是关闭的。
docker rm -f 1e560fca3906
# 批量删除某个镜像衍生的容器
docker ps -a | grep <镜像ID> | awk -F ' ' '{print "docker rm "$1}' | sh 
# 清理掉所有处于终止状态的容器。
docker container prune 

===== 保存容器（快照）
# docker export 基于当前版本建立快照（之前的层不保存）
docker export <CONTAINERID> > ubuntu.tar
docker export <CONTAINERID> -o ubuntu.tar

# docker commit 当前容器内容新建一层（在原有启动镜像基础上新建一层）
docker commit <CONTAINERID> <name:tag> 
# 如果容器需要上传到远程仓库，在保存时还需要指定用户
docker commit <CONTAINERID> usr/<name:tag> 


===== 关启容器
# 启动容器（不能是运行状态的容器）
docker start <镜像ID>/<name:tag>
# 停止容器 
docker stop <镜像ID>/<name:tag>
# 重启容器
docker restart <镜像ID>/<name:tag>
# 终止容器
docker kill <镜像ID>/<name:tag>

===== 其他命令
docker rename  # 重命名容器

参考资料

官方文档

Docker:Guides:Get started

生信常用镜像清单

bwa
vep
GATK 官方介绍

-------------本文结束感谢您的阅读-------------