snakemake进阶 - 2.调用容器 - singularity

业务需求，目前docker方案在所使用的集群中不可行，所以使用的是singularity 解决方案。
首先我们看一个没有使用镜像的rule

rule VEP_anno:
        input:
                vcf     = "{product}__{sample}/Analyze/{type}/{muttype}.final.vcf",
        output:
                anno_out   = "{product}__{sample}/Analyze/{type}/{muttype}.vcfanno.tab",
        benchmark:
                "benchmark/anno__{product}__{sample}__{type}__{muttype}"
        resources:
                mem_mb = 4000
        threads: 4
        shell:
                """

export PERL5LIB=""
export PATH={bin_path}/bin:$PATH

{config[conda][vep]} \
  --fork 4    --assembly GRCh37  --offline  --refseq  --exclude_predicted  --cache  --format vcf  --vcf_info_field ANN  --force_overwrite  --tab  --verbose  --no_escape  --everything  --shift_3prime 1  --dir_plugins  /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/VEP_plugins/VEP_plugins-release-108  --plugin TSSDistance  --plugin TERT  --custom /ifstj2/B2C_RD_H1/Personal/liubo/0.Pipeline/aio.NewAnnotation/subpipeline/submodel_annotation_vep/Database/human_maked.gene.gff.gz,,gff  --custom /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/vep_inhouse_data/clinvar.vcf.gz,ClinVar,vcf,exact,0,CLNSIG,CLNREVSTAT,CLNDN \
   --dir_cache /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/vep_cache_dir  --fasta /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/Hg19/hg19.fa  
-i {input.vcf} -o {output.anno_out}

可以看到这是一个使用vep进行注释的rule,如果需要在snakemake中使用镜像，rule层面，只需要添加 singularity字段，并说明需要使用的镜像，其中镜像可以是本地的 sif文件，也可以是远程仓库docker镜像 docker://ensembl-vep:release_108.2 （会从远程仓库拉去镜像，需要机器能链接网络）

rule VEP_anno:
        input:
                vcf     = "/ifstj2/B2C_RD_H1/Personal/liubo/singularity/22S03467478.indel.final.vcf",
        output:
                anno_out   = "/ifstj2/B2C_RD_H1/Personal/liubo/singularity/22S03467478.indel.vcfanno.tab",
        resources:
                mem_mb = 4000
        threads: 4
        singularity: "ensembl-vep_release_108.2.sif",
        singularity: "docker://ensembl-vep:release_108.2",
        shell:
              """
vep --fork 4  --cache  --dir_cache /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/vep_cache_dir   --assembly GRCh37  --offline  --refseq  --exclude_predicted  --fasta /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/Hg19/hg19.fa  -i {input.vcf} -o {output.anno_out}  --format vcf  --vcf_info_field ANN  --force_overwrite  --tab  --verbose  --no_escape  --everything  --shift_3prime 1  --dir_plugins  /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/VEP_plugins/VEP_plugins-release-108  --plugin TSSDistance  --plugin TERT  --custom /ifstj2/B2C_RD_H1/Personal/liubo/0.Pipeline/aio.NewAnnotation/subpipeline/submodel_annotation_vep/Database/human_maked.gene.gff.gz,,gff  --custom /ifstj2/B2C_RD_H1/Research_and_Development/03.database/vep_inhouse_data/clinvar.vcf.gz,ClinVar,vcf,exact,0,CLNSIG,CLNREVSTAT,CLNDN
"""

但是使用镜像时，由于会在虚拟环境进行任务分析，所以这时候，有些数据库文件我们需要在进行任务投递时，通过–singularity-args 进行显性的声明

/ifstj2/B2C_COM_H1/PipeAdmin/02.software/Conda/bin/snakemake \
--use-singularity \#使用镜像启动容器分析
--singularity-args " -B /ifstj2/B2C_RD_H1/Personal/liubo " \#配置启动容器时的参数，可以借此完成目录的挂载
-s VEP_anno.smk