IGV-report工具

简介

IGV 是基因组可视化方向一个被广为熟知的软件，相比JBrowse和GBrowse等需要进行服务器部署的高门槛服务，IGV本身提供了Windows桌面版，也满足了很多非生信背景的数据查看诉求。
最近在进行流程可视化时，偶然发现IGV有开发了很多的扩展，比如igv-reports 和 igv-notebook 来适配更多的应用场景。

安装

整个igv report模块是基于python(>3.6)开发的，可以通过pip安装，在这里为了避免出现一些和现有环境的版本冲突，我们直接使用conda创建一个新的环境并进行安装，示例如下：

conda create -n igv_report igv-reports

生成报告

报告的生成也比较简单，执行如下命令，然后打开 example.html 即可。

create_report Demo.vcf \
--genome hg19 \
--tracks  Demo.vcf  Demo.bam \
--info-columns DUPLEX BAYES \ # vcf info 字段的key
--sample-columns AF DP \ # vcf FORMAT 字段的Key
--fasta $path/hg19.fa \
--output example.html

由于结果表格中可以对vcf的INFO字段和FORMAT字段的信息进行提取，用于在最终表格结果中进行展示，因此我们可以通过对vcf进行个性化定制，实现最终表格信息的定制化展示。

查看结果

实际效果，我们可以查看官方给的一些demo示例。
Demo