腾讯云服务

如果服务不存在，登陆腾讯云服务器执行如下命令

1 2	cd /var/www/html/jbrowse nohup npx serve . &

前言

JBrowse 是今天要介绍的主角。它是GMOD( Generic Model Organism Database) 开源项目的一部分,这个项目收集了非常多的开源软件工具，用来管理、可视化、存储、展示基因组学数据。

the Generic Model Organism Database project, a collection of open source software tools for managing, visualising, storing, and disseminating genetic and genomic data. ---GMOD官网
在GMOD的众多项目中最出名的应该是Galaxy，而JBrowse则是GMOD之前一款基因浏览器JGBrowse的继任者。

JBrowse资料

JBrowse官网
 GMOD-JBrowse WIki
JBrowse2 Github项目

JBrowse 部署安装

镜像调整

设置yum镜像

cd /etc/yum.repos.d/
mkdir centos.back
mv  *.repo  centos.back
# 获取新镜像
wget http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo   阿里的源
wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS7-Base-163.repo  163的源

yum clean all   # 清空缓存
yum  makecache  # 生成缓存

设置npm镜像

# 设置npm源为淘宝NPM镜像
npm config set registry https://registry.npm.taobao.org
# 查看是否设置成功
npm config get registry
# 直接使用cnpm命令行工具代替默认的npm
npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org

# 设置回默认的官方源
npm config set registry https://registry.npmjs.org/

环境需求

Node version must be >=12.0.0 to use this CLI
需要安装 redhat-lsb

1	yum -y install redhat-lsb

升级Node版本

安装npm的n模块(专门用来管理nodejs的版本)

1 2	npm install -g n # 安装n模块 n stable # 升级到最新的稳定版本

安装jbrowse

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3

### operate under a normal user so this guide does not use this
npm install -g @jbrowse/cli
jbrowse create /var/www/html/jbrowse2

也可以直接下载软件包：下载最新版JBrowse2软件包

选择其中的Web版本(jbrowse-web-v1.5.3.zip)，解压后进入目录,运行npm服务即可

unzip  jbrowse-web-v1.5.3.zip
cd jbrowse
npx serve .

弹出如下信息，则证明服务已经成功启动。
   ┌──────────────────────────────────────────────────┐
   │                                                  │
   │   Serving!                                       │
   │                                                  │
   │   - Local:            http://localhost:39963     │
   │   - On Your Network:  http://172.21.0.8:39963    │
   │                                                  │
   │   This port was picked because 3000 is in use.   │
   │                                                  │
   └──────────────────────────────────────────────────┘

配置jbrowse

完成了jbrowse以后，下一步就是Jbrowse的配置，有两种方案可以进行配置

使用命令行添加数据

添加基因组

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# 添加Hg19的基因组，由于添加过程会在执行目录更新config.json文件，因此记得在jbrowse目录下执行！！
jbrowse add-assembly /root/Database/hg19.fa --load copy --displayName Hg19

添加 bam 文件

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jbrowse add-track /data/volvox.bam --load copy
# 如果bam缺少索引文件，需要建立索引。
samtools index volvox.bam

添加 BigWig/BigBed 文件

因为jbrowse添加的bed文件必须是BigBed文件(二进制的bed文件)，因此bed文件添加前要先通过bedToBigBed 进行处理

sort -k1,1 -k2,2n unsorted.bed > input.bed   #bed文件必须先排序
bedToBigBed input.bed chrom.sizes myBigBed.bb

## Download bigwig or bigbed file
jbrowse add-track volvox-sorted.bam.coverage.bw --load copy

除了bed文件外，jbrowse还支持 BigWig
有多种方式可以生成BigWig文件以下介绍的方式有基于wiggle (wig) 格式的文件，通过软件：wigToBigWig 生成），

BigWig(.bw)的生成需要准备一个BedGraph文件格式如下：

#Chr    Start   End Value(可以自行定义)
chr1	10270744	10270745	0.278208333333333
chr1	10270745	10270746	0.275666666666667
chr1	10270746	10270747	0.276833333333333
chr1	10270747	10270748	0.27675
chr1	10270748	10270749	0.279083333333333

排序后，通过bedGraphToBigWig工具，将BedGraph文件转换成.bw文件，直接加载

1 2	sort -k1,1 -k2,2n $file.bedGraph > $file.sorted.bedGraph bedGraphToBigWig $file.sorted.bedGraph hg19.fa.fai $file.bw

Adding a variant track

#首先对vcf进行排序
bcftools sort file.vcf > file.sorted.vcf

#vcf需要进行压缩和建立索引
bgzip yourfile.vcf
tabix yourfile.vcf.gz

jbrowse add-track /data/yourfile.vcf.gz --load copy

Adding a GFF3 file with GFF3Tabix

gt gff3 -sortlines -tidy -retainids yourfile.gff > yourfile.sorted.gff
bgzip yourfile.sorted.gff
tabix yourfile.sorted.gff.gz
jbrowse add-track yourfile.sorted.gff.gz --load copy