天河二号作业调度系统简单使用

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天河用户手册

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现将天河2号的作业调度系统的简单使用方法记录于此:

MPI

天河2号默认使用mpich-3.2.1（使用icc-14.0.2 编译），是天河2号自主实现的mpi版本，具有较高的效率。

module 模块管理

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module avail                # 查看可用的模块的列表。

module load [modulesfile]   # 加载需要使用的modulefiles。

module load OpenFOAM/2.2.2  # 示例  

module其它用法，可在help中查询

作业调度

基础

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yhi   # yhinfo命令的简写，用于查看节点状态
      其中PARTITION表示分区；NODES表示节点数；NODELIST为节点列表；STATE表示节点运行状态，
      其中，idle表示节点处于空闲状态，allocated表示节点已经分配了一个或多个作业。


yhq   # yhqueue命令的简写，用于查看作业运行情况
      推荐使用“yhq -a”查看作业状态信息
      其中JOBID 表示任务ID，Name表示任务名称，USER为用户，TIME为已运行时间，NODES表示占用节点数，NODELIST为任务运行的节点列表。

交互式提交作业

在shell窗口中执行yhrun命令，主要命令格式如下：

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yhrun [options] program

-n,   --ntasks=number   # 指定要运行的任务数
-c,   --cpus-per-task=ncpus    # 每个任务需要ncpus 个处理器核
-N,   --nodes=minnodes[-maxnodes]  # 请求为作业至少分配minnodes（最大maxnodes）个节点。 （例如“-N 2-4”或“--nodes=2-4”）
      如果没有指定-N，缺省行为是分配足够多的节点以满足-n和-c参数的需求

-p,   --partition=partition name   # 在指定分区中分配资源。如未指定，则由控制进程在系统默认分区中分配资源。
-w,   --nodelist=node name list    # 请求指定的节点名字列表。作业分配资源中将至少包含这些节点。
      列表可以用逗号分隔的节点名或节点范围（如cn[1-5,7,...]）指定，或者用文件名指定；如果参数中包含“/”字符，则会被当作文件名。
-x,   --exclude=node name list    # 不要将指定的节点分配给作业

-D,   --workdir=directory     # set working directory for batch script
-I,   --immediate[=secs]      # exit if resources not available in "secs"

-o,   --output=out            # location of stdout redirection
-J,   --job-name=jobname      # name of job
-l,   --label                 # prepend task number to lines of stdout/err

-h,   --help  # 若需使用yhrun更多选项，可通过“yhrun –h”或“yhrun --help”查看。


# eg:
yhrun -n 4 -p bigdata hostname 

yhrun -n 4 -w cn[7303-7306] -p bigdata hostname 

yhrun -n 4 -N 4 -w cn[7303-7304] -p bigdata hostname 

yhrun -n 4 -N 4 -x cn[7303-7304] -p bigdata hostname

节点资源抢占命令 yhalloc

该命令支持用户在提交作业前，抢占所需计算资源

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yhalloc -N 1 -p bigdata

通过yhq查看相应的jobID 为1051，节点为cn7314，然后ssh到对应节点进行操作

####取消自己的作业

使用yhcancel命令

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yhcancel jobid

批处理作业命令 yhbatch

在资源满足要求时，分配完计算节点之后，系统将在所分配的第一个计算节点（而不是登录节点）上加载执行用户的作业脚本。

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cat > mybash.sh 

#!/bin/bash 
yhrun -n 4 -N 4 -p bigdata hostname 


chmou mybash.sh 

yhbatch -N 4 -p bigdata ./mybash.sh

计算开始后，工作目录中会生成以slurm开头的.out 文件为输出文件。
更多选项，用户可以通过yhbatch --help命令查看。
如果不需要使用MPI的话，也可以不使用yhrun

单个节点上提交多个作业

因为天河2是独享作业，当一个节点上已经被分配出去之后，即便没有使用全部的核心，也无法继续提交作业。
所以，若想在一个节点上运行多个作业，必须同时提交上去，如下：
某用户有4个 a.out 需要运行，每个a.out最多只能高效运用6 个CPU 核，那么可以构建下面的任务脚本，在一个计算节点上同时运行多个作业:

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cat > job.sh 

#!/bin/bash
yhrun  –n 4  a.out   arg.1  & 
yhrun  –n 4  a.out   arg.2  &
yhrun  –n 4  a.out   arg.3  &
yhrun  –n 4  a.out   arg.4  &
wait                             # important

然后通过yhbatch –N 1 job.sh来一次提交计算任务，使所有小的计算任务都可以在一个节点同时进行计算。
如果不需要使用MPI的话，也可以不使用yhrun。

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