Standard-ACGS_Best_Practice_Guidelines_for_Variant_Classification_in_Rare_Disease_2024

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2015

2015年，ACMG & AMP 联合发表了standards and guidelines for the interpretation of sequence variants (Richards et al Genetics in Medicine 2015)30223-9/fulltext) 具体参考我们之前的文章 指南描述了一种根据一系列标准和证据水平（非常强、强、中等或支持性）对变异进行分类的方法，包括“致病性”、“可能致病性”、“意义不明确”、“可能良性”或“良性”。
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2017

2017年1月，AMP & ASCO & CAP 针对癌症基因组解读发表了Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer 具体参考我们之前的文章
和2015年发表的文章提供了一套独立不同级别体系，判定的关注点不是致病性，而是临床意义。

  • tier I，具有强烈临床意义的变体（A和B级证据）；
  • tier II，具有潜在临床意义的变体（C或D级证据）；
  • tier III，临床意义未知的变体；
  • tier IV，良性或可能良性的变体

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2017年12月，AGCS 发表了 ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification 2017
因为2015年的指南对所有变异都根据疾病和遗传模式进行分类。随着认知的增加，考虑到特定标准的适用性和权重可能因疾病和基因而异，需要对特定基因的变异分类提供更有针对性的指导。 美国ClinGen项目进一步制定这些指南，该项目包括特定疾病工作组和序列变异解释(SVI)工作组，该工作组为调整指南提供建议和协调方法，而本次发表的最佳实践，是2015年指南的第一次更新。 相关历史工作可以在ClinGen 项目组的历史记录 查看（不止于2017年）。
在本次更新中，主要涉及两个部分。

  1. 证据标准的判定需要结合患者的临床表型进行评估，仅当患者的表型与疾病基因关联一致时才应使用这些标准，涉及 PS2 、PS3 和 PM6 。
  2. 增加了使用功能实验 能/否 作为 PS3 证据项的说明。
  3. 针对2015的所有证据项，提供了更详细的补充说明。这里列出部分，详细内容可以参考上述链接原文获取。
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2018

2018年8月，AGCS 发表了 ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification 2018 大概看了下，开始我都恍惚以为是完全一样的内容，后来细看了一下，还是有些区别的发现相比2017年的版本，在2018年对证据项进行了进一步的补充说明。
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2019

2019年5月，AGCS 发表了 ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification 2019

  1. 补充了使用型别作为PP4证据项的示例。
  2. 对证据项的补充说明进行了进一步的补充完善。
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2020

2020年2月，AGCS 发表了 ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification 2020

  1. 更新了根据证据项判定最终致病和疑似致病的的标准
Classification Combining rules
Pathogenic (a) 1 Very strong AND ≥1 Strong OR ≥1 Moderate OR ≥2 Supporting
Pathogenic (b) ≥3 Strong
Pathogenic (c) 2 Strong AND ≥1 Moderate OR ≥2 Supporting
Pathogenic (d) 1 Strong AND ≥3 Moderate OR ≥2 Moderate AND ≥2 Supporting OR ≥1 Moderate AND ≥4 Supporting
Likely pathogenic (a) ≥2 Strong
Likely pathogenic (b) 1 Strong AND 1-2 Moderate OR ≥2 Supporting
Likely pathogenic (c) ≥3 Moderate OR 2 Moderate AND ≥2 Supporting OR 1 Moderate AND ≥4 Supporting
  1. 对stop loss类型的变异，如何区别PVS1和PM4两个证据项进行了具体描述。
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  2. 针对检测实验室如何出局报告，及如何在报告中展示证据项信息进行了详细的示例说明。
  3. 然后惯例性的，又对证据项的补充说明进行了进一步的补充完善。

2024

2024年2月，AGCS 发表了 ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification 2024
重大的更新是在指南中首次纳入了CNV的解读（ 2020年，ACMG联合CLinGen，曾单独发表过一篇CNV解读的技术标准: guidelines specific for the interpretation of copy number variants (CNVs)(Riggs et al., 2020)

  1. 在之前的stop-loss的基础上，针对start-loss 和frameshift类型的变异，增加了PVS1和PM4两个证据项进行了具体描述。
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    因为2024版本是目前的最新版本，同时新增 CNV的解读，内容较多，具体内容单独介绍。参考文章
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