MOL2（扩展名常用 .mol2）出自 Tripos SYBYL 体系，用分段关键字组织小分子数据：除坐标与键以外，常含 sybyl 原子类型、部分电荷、残基／子结构标签等，利于 分子对接 前处理与 分子动力学（molecular dynamics，MD） 力场赋值。与纯 Molfile（见 fileformat-molfile.md）列定义不一一对应；与批量带表性质的 SDF（fileformat-sdf.md）相比，MOL2 更强调单分子细分字段与力场语义。
段末注释：MD 指基于牛顿力学的原子轨迹模拟；对接与 MD 前处理常需一致的原子类型与电荷约定。
插图约定：示意图见 ./fileformat-mol2/文件名.png。
1. 主要分段（概念）
| 分段关键字 | 典型内容 |
|---|---|
@MOLECULE |
分子名、原子数、键数、子结构数等 |
@ATOM |
原子 ID、(x,y,z)、sybyl 类型、亚结构名、电荷等 |
@BOND |
键端点 ID、键类型编码 |
@SUBSTRUCTURE |
（可选）子结构或残基分组，蛋白–配体复合物拆分时便于标记 |
2. 科学意义（酶改造／对接）
- 原子类型与电荷与 AMBER、GAFF 等力场对接脚本输入强相关；同一配体从 Molfile 导入后再赋类型，有时会与软件原生 MOL2 导出存在细微差别。
- 不同程序写入的 MOL2 列顺序或可选列可能略有差异，应以使用软件文档为准，解析时优先用 Open Babel、RDKit（若支持）等库而非手写分列。
3. 何时选用 MOL2
| 场景 | 建议 |
|---|---|
| 只需拓扑 + 坐标、最大化兼容 | Molfile 或 SDF |
| 高通量 + 活性字段 | SDF |
| 对接／MD 管线明确要求 sybyl 列或惯用 MOL2 | MOL2 |
4. 小结 Checklist
- MOL2 非 Molfile 的超集简单映射，勿盲拷列到 PDB。
- 酶–蛋白整体坐标仍以 PDB/mmCIF 存档；配体可单独 MOL2 复现对接。
- 与
fileformat-molfile.md、fileformat-sdf.md搭配阅读，按流水线选格式。
参考与延伸阅读
- Tripos / SYBYL 及所用工具（Open Babel、MOE 等）用户手册中的 MOL2 列定义
- Open Babel（含 MOL2 互转）
- RDKit（部分版本／扩展对 MOL2 支持，以实现为准）