00.范式-文献介绍

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文献介绍类文档的命名约定、读者定位、辩证立场、结构框架与配图约定。仅供写作时自用，正文稿不得引用本文。

本文件是 01.知识-05.Paper 下单篇文献介绍 / 解读类文章的作者侧写作规范。
目标：让对应领域的从业者或科研工作者读完后，能独立判断「这篇工作解决了什么、怎么做的、证据到哪、边界在哪、之后还有没有更好的路」，而不是背诵摘要。
正式对外的文献正文，禁止出现对本地其他文件包括本文件或「按范式写作」的任何引用（见「绝对禁区」）。

本文会随样例稿迭代；改结构时先改本文件，再回写样例，保持「范式 → 样例」单向一致。

命名约定

单篇文献介绍文件名优先沿用目录既有标识符体系：

1
{文献标识}-{主题短名}.md
字段 约束 说明
文献标识 DOI- / PMID- / PMC- 等 尽量用可检索主键；DOI 中 / 换成 -（如 DOI-10.1038-s41586-…）
主题短名 方法名或核心贡献短语 专有名词保留英文大小写（如 ProteinMPNN、RNAbpFlow）
配图目录 与 .md 同名 ./{文献标识}-{主题短名}/Fig1.png 或 fig-xx-*.png

硬性：文件名、目录名、图片文件名均不得含空格。 需要分隔时用 - 或 _。正文叙述里专有名词可保留空格。

文类 命名提示 是否用本范式
单篇原文解读 {标识}-{主题}.md 是
方法/主题综述 可用 PMID…-…综述.md 等 可裁剪，见文末
系列专题（如 Hallmarks） Series-….md 另定骨架，不硬套
清单 / 索引 Paper_list.md 等 否
公众号改写稿 可另存 …-wechat.md 语气可口语化，但事实约束仍适用

读者与立场

读者：文献对应内容的行业从业者或科研工作者。默认具备该领域基本背景，不需要「零基础科普腔」；需要的是可核对的事实、清晰的方法逻辑、诚实的证据边界。

叙述视角：第三方。客观介绍研究内容，不站队作者，也不为抬杠而抬杠。

辩证立场（硬性）：

  1. 文章内容不一定全对，也必然有覆盖不到或不完美之处；分享阶段禁止把原文奉若圭臬。
  2. 写「做了什么 / 报了什么」时，同时写「依赖什么假设」「没测什么」「结论能推多远」。
  3. 效果数字必须带对照条件（相对谁、在什么数据集/实验系统、是否同条件并行）。禁止把摘要里的倍数单独拎出来当绝对真理。
  4. 作者自称的「首次 / 突破 / SOTA」若出现，应用可核对证据复述，并注明「作者表述」或改写成可验证的比较句；读者侧不要跟着喊口号。

语气：

  • 像同行做 journal club：把问题、方法、证据、漏洞摊开。
  • 专业克制；允许「我认为证据偏弱的地方在于…」，但判断要落到具体设计或数据缺口上。
  • 直接讲清楚即可，不要用「说人话 / 给普通人讲 / 一文读懂」等自我标榜式措辞。

与其他范式的边界：

文类 差异要点
工具推荐 工具文追求活人感与亲身经历；文献文以可核对证据为主，少用聊天腔与情绪标点
机器学习算法 算法文讲「一类方法怎么用」；文献文锚定这一篇工作的问题—方法—证据链

核心撰写原则

  1. 一条主线：全文只讲清「科学问题 → 当时背景缺口 → 本文思路/方法 → 解决了什么 → 效果到哪 → 局限与后续方案」；枝节用小标题或段末注释挂上。
  2. 先问题后方法：读者应先知道「缺什么」，再进入模型或实验细节；禁止一上来堆架构名词。
  3. 方法写到可复述：若涉及算法 / 模型 / 流程开发，必须把原理与关键设计写到「同行能口头复述主干」的程度（输入、归纳偏置、训练/优化目标、推理怎么用），而不是只贴一层广告式摘要。
  4. 效果与声明分开：先复述实验设置与主要结果，再单独写「能成立的结论」与「推过头的风险」。
  5. 发表后对照（硬性）：写稿时开放检索原文发表日至当前时间节点之间，同问题上是否还有其他方案；有则给出可对照的对比（见结构第 7 节）。无则如实写「检索范围内未见明显替代主线」，并注明检索口径。
  6. 配图优先原文：原理图、流程图、主要结果图优先使用原文图（注意版权/许可；OA 且允许转载时注明出处与许可）。自绘示意仅用于补原文没有的直觉桥接，且图注标明「非原文图」。
  7. 缩写体例：首次用「中文全称（英文全称，缩写）」；同段末可用引用块短注；后文只用缩写。
  8. 公式：需要时用 LaTeX；符号首次出现用一句话定义。

绝对禁区

正文元写作禁令（硬性）

文献正文中禁止：

  1. 「结构见范式」「按本目录模板」「详见 00.范式…」等作者侧提示
  2. 把命名约定、目录规划写进读者可见正文
  3. 为凑结构而互引「请先读上一篇文献」——确需前置知识时，用一两句补齐，或外链权威资料 / preprint / 官方文档

外部论文、代码仓、补充材料可以链。

表达禁区（压低 AI 味）

  1. 教科书空开场：「在当今…快速发展的时代」「随着 AI / 组学的兴起」
  2. 套话堆砌：「首先…其次…最后」「综上所述」「值得注意的是」「让我们来看看」「不难发现」
  3. 高频踩雷词：「说白了」「意味着什么？」「这意味着」「本质上」「换句话说」「不可否认」
  4. 降智 / 营销腔：「说人话」「给普通人」「零基础也能懂」「干货满满」「一文搞懂」「赋能」「闭环」「颠覆式」「完美解决」
  5. 把作者宣传话术当事实：正文避免「震惊学界」「里程碑式」等无证据形容词
  6. 编造未做的实验、未读的引用、未检索到的「后续工作」——不确定就写不确定，或标「待核对」

推荐结构（可裁剪，顺序建议固定）

新稿默认按下列骨架。综述 / 短评可删节，但 文献卡片 / 科学问题与背景 / 思路与方法 / 主要结果 / 局限与审慎读法 / 发表后其他方案 建议保留。

0. 文献卡片（开场，必有）

先用几句话的文章概述概括本文工作（陈述事实，不用口号），用一张表钉提供元数据，再：

紧接 1～3 句：这篇工作针对什么对象、提出什么做法、主要声称什么结果（数字带对照条件）。

项目 写什么
题目 原文题名
期刊/预印本 名称 + 发表/上线日期（若有）
作者 第一作者 + 通讯（机构可短写）
DOI/PMID 可点击链接
代码/数据 有则给官方入口；无则写「原文未提供公开代码」

缩写首次出现按体例展开。

1. 要解决的核心问题（必有）

用可检验的问句或命题写清：作者要回答的核心科学问题 / 工程问题是什么。
避免空泛「提高精度」「推动领域发展」；写成「在某某约束下，能否做到某某」。

2. 现阶段的常见方案（必有）

2～6 段即可，覆盖：

  1. 当时主流做法是什么（方法族 + 代表工作，有文献则短引）
  2. 缺口或张力在哪（数据、假设、通量、泛化、可解释性、实验验证链等——对准本文后文要补的那一块）
  3. 必要时点一句：为何这个问题在发表当时值得做（资源成熟、临床/产业需求、前序模型刚可用等），禁止宏大叙事

背景是为后文方法服务的，不是学科史展览。

3. 作者提出的新思路（必有）

写清作者的关键假设或设计选择：相对背景缺口，他们押注在哪条路径上（例如「先加固稳定性再进化」「用碱基对条件化生成」）。

可用一小段「设计对照直觉」说明：如果假设不成立，实验上会看到什么。

4. 采用的方法与原理（有算法/模型/流程时必有；纯实验可缩短）

先几句话进行系统性概述，再进行详细展开。

4.1 何时必须写「系统方法」

出现下列任一情况，必须有独立方法节，且写到可复述：

  • 提出新模型 / 新损失函数 / 新训练或采样流程
  • 组合已有模块但关键在接口设计、条件化方式、约束或解码策略
  • 湿实验为主但核心是新流程编排（如连续进化回路 + 计算设计接口）

4.2 建议写法（按计算/实验顺序，不按论文章节名堆砌）

  1. 输入 → 输出：模型或流程吃什么、吐什么
  2. 归纳偏置 / 关键模块：图、注意力、流匹配、能量项、筛选回路等——各用一两句说明「它在约束什么」
  3. 训练或优化目标：损失、选择压力、多任务权重；公式给最小必要集
  4. 推理 / 实验怎么跑：采样温度、迭代轮数、并行对照如何设置
  5. 与基线的差异点：相对旧方法，改动落在哪一层（特征、目标、搜索空间、验证协议）

配图：优先贴原文总览图（如 Fig.1）；图注写「原文 Fig.x：…」，并注明许可（若适用）。

纯实验、无新算法的工作：本节可改为「实验设计要点」（对象、对照、读出指标、样本量逻辑），仍须让读者能复述实验逻辑。

5. 解决了什么问题 / 主要结果（必有）

按证据强度组织，而不是按作者故事顺序炫技：

  1. 计算机内指标（若有）：数据集、对照方法、效应量
  2. 湿实验 / 临床前 / 真实部署（若有）：对象、读出、失败与成功条件
  3. 消融或机制性对照（若有）：用于支撑「关键模块是否真关键」

每个要点尽量做到：设置一句话 + 结果一句话 + 能/不能推出什么。
原文结果图优先引用；图注标明 Fig 编号与读图要点。

6. 局限、假设与审慎读法（必有）

至少覆盖下列中与本文相关的条目：

  • 数据与分布：训练/测试是否泄漏；物种、长度、难度是否偏科
  • 评价指标：是否替代真实目标（如序列恢复 ≠ 可表达可功能）
  • 实验系统外推：模型体系、细胞系、动物、临床之间的距离
  • 对照是否公平：算力、调参预算、是否同条件并行
  • 作者未讨论但读者会问的点：可复现性、代码版本、阴性结果是否充分

语气要求：指出缺口即可，不必嘲讽；也不要用「瑕不掩瑜」一类把批评清零的套话收场。

7. 其他可对比参考的方法（依据检索结果可选）

检索义务：检索至写稿当日，优先以原文正式发表日（预印本则以上线日）为起点，检索后续同问题或强相关问题上的后续方法 / 改进 / 替代路线。如果没有后续文章在向前补充通问题或强相关的方法，如果没有可以不展示本部分。

推荐检索入口（按领域选用，不必全写进正文）：Semantic Scholar / Google Scholar「cited by」与标题关键词、bioRxiv/medRxiv、相关会议与期刊 TOC、官方代码仓 Issues/后续 paper、综述中的方法表。
正文至少写清：

项 要求
检索口径 时间窗、关键词或「被引/相关工作」策略，一句话即可
有替代时 2～5 个可对照方案：各用「思路差异 + 适用边界 + 相对原文的增益/代价」
无替代时 明确写「在上述口径下未看到成为主流的替代主线」，避免假装检索过

对比表推荐列：方案 | 发表时间 | 核心差异 | 证据类型 | 相对原文何时更值得考虑。
禁止无依据的「全面超越」；不确定就写「公开材料不足以判定」。

8. 对从业者的可操作含义（可选但推荐）

2～5 条：什么情况下值得跟进该方法；跟进前应核对的数据/代码/许可；不建议直接迁移的场景。
保持第三方口吻，不写成软广。

9. 小结（必有）

本方法/思路/结果 在对应领域带来的贡献是什么；

3～5 条子弹：问题 → 思路 → 成果 → 最要紧的一条边界 → 领域/方向的贡献。
不用「综上所述」。

10. 参考文献与延伸（必有基础链接）

  • 原文 DOI/PMID、补充材料、代码与数据入口
  • 背景中引用的关键前序工作（宁缺毋滥）
  • 第 7 节对比方案的文献链接

Front matter 建议

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title: {方法或贡献短名}：{有吸引力说明标题，适合公众号推广}
date: YYYY-MM-DD HH:mm:ss
tags:
    - 文献解读
    - {领域标签}
categories:
    - 文献
    - {子领域}
description: 第三方解读 {作者} {期刊} {年}：{一句话事实摘要}。
原文链接: https://...
DOI: https://doi.org/...
代码: https://...   # 可选

title 避免「给普通人看的」「震惊」等与读者定位或辩证立场冲突的措辞；公众号改写稿可另存，不覆盖主解读稿标题策略。

配图约定

  1. 优先原文图：原理、流程、主结果直接用原文导出图；文件名可用 Fig1.png、Fig3a.png 等与原文编号对齐。
  2. 版权：仅在许可允许时转载（如 CC BY）；图注写清「原文 Fig.x，来源 DOI…，许可…」。不满足许可时改为文字描述 + 外链原文，或仅用自绘示意。
  3. 自绘示意：默认科普漫画 / 扁平示意；文件名 {短名}-fig{序号}-{英文短义}.png；图注必须标明「非原文图」。
  4. 正文引用：![图注](./同名目录/文件名)；路径无空格。
  5. 一张图一个读点；图注说明对应文中哪一步或哪条结论。

质量自检清单

  • 文件名含可检索文献标识；.md / 配图目录 / 图片名均无空格
  • 开场有文献卡片 + 一句话事实摘要，无宏大叙事
  • 写清科学问题与发表当时的背景缺口
  • 有思路/假设；涉及模型或算法时方法节可口头复述主干
  • 结果带对照条件；未把作者宣传当事实
  • 有独立的局限与审慎读法，未把原文奉为圭臬
  • 完成「发表日至写稿日」的开放检索；有对比或明确写无
  • 原理/结果图优先原文，图注含 Fig 编号与许可/来源说明
  • 无范式互引、无套话与踩雷词、无降智/营销腔
  • 缩写体例符合项目约定；公式用 LaTeX
  • 文末有原文与关键延伸链接

裁剪规则（作者备注）

情况 怎么裁
短评 / Journal club 纪要 可压缩方法细节，但问题、结果条件、局限、后续方案四块不建议删
方法综述（多篇） 「单篇卡片」改为「问题定义 + 方法谱系表」；每条方法仍要边界与证据类型
预印本 卡片标明 preprint；结论语气更保守；后续方案检索含是否已正式发表
公众号改写 可增强叙事与比喻，但不得删改核心数字与局限；事实以主解读稿为准

迭代记录（作者备注）

版本 日期 变更
v0.1 2026-07-29 初版：读者定位（从业者/科研）、第三方辩证立场、结构骨架、原文配图优先、发表后方案检索义务、AI 味禁区

后续若某类文献（临床试验、标准操作程序、纯综述）骨架不够用，在本表追加裁剪规则，避免为特例推翻主骨架。

-------------本文结束感谢您的阅读-------------