本页为 抗体（免疫球蛋白，Immunoglobulin，Ig） 主题下独立 Markdown 文档的分类索引，不含技术正文。文件名采用 抗体-{系列号}.{子系列}-{篇号}.{标题} 三层结构，便于按主题检索。
段末注释：Ig 与日常用语「抗体」在多数语境下可互换。
小白入口：抗体-00.入门-01.抗体设计基础概念与分类术语（概念、分类尺子、术语表）
0. 入门（抗体-00.入门）
零基础概念、分类标准与从业术语。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-00.入门-01.抗体设计基础概念与分类术语 | 抗原/表位/抗体；IgG 与 sdAb；同种型/来源/格式/用途分类；设计术语速查 |
1. 结构（抗体-01.结构）
分子架构、可变区解剖与配图。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-01.结构-01.认识抗体结构 | IgG 拓扑、Fab/Fc、CDR 入门、铰链、糖基化、酶切片段 |
| 抗体-01.结构-02.可变区结构 | Ig 折叠、FR/CDR、V(D)J、VH–VL 配对、六条 CDR 环 |
2. 指标（抗体-02.指标）
实验读数、单位、换算与报告规范。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-02.指标-01.亲和力指标总览 | (K_{\mathrm{D}})、(k_{\mathrm{on}}/k_{\mathrm{off}})、(EC_{50})/(IC_{50}) 定义与选用 |
| 抗体-02.指标-02.EC50与KD的测定与换算 | ELISA (EC_{50}) 与 SPR/BLI (K_{\mathrm{D}}) 测定、等价条件、换算 |
| 抗体-02.指标-03.SPR与BLI亲和力检测原理 | SPR/BLI 物理原理、实验机制、拟合质控、优劣势与局限性 |
3. 互作（抗体-03.互作）
结合原理、区域功能与亲和力影响因素。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-03.互作-01.抗体抗原互作原理介绍 | 识别模型、各结构域在结合中的功能、效率指标 |
| 抗体-03.互作-02.影响亲和力的因素 | 界面/格式/抗原/环境/测定对亲和力的影响 |
4. 工具（抗体-04.工具）
计算预测、benchmark 与选型。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-04.工具-01.抗体亲和力预测工具调研综述 | 物理能量、结构 ML、序列 DL、排序学习；工具对比与选型 |
| 抗体-04.工具-02.抗体从头理性设计开源工具综述 | 表位→框架→CDR/序列→结构→对接→亲和力→可开发性→定稿；端到端开源 pipeline |
| 抗体-04.工具-03.IMGT-抗体结构注释工具科普 | IMGT 编号体系、V-QUEST 等在线工具；核酸胚系注释、优缺点与功能边界 |
| 抗体-04.工具-04.ANARCI-抗体结构注释工具科普 | ANARCI HMM 编号与链型分类；多方案编号、CLI/Python 用法与功能边界 |
| 抗体-04.工具-05.RIOT_NA-抗体序列注释工具科普 | RIOT 高通量 V(D)J 注释；核酸/氨基酸双输入、AIRR 输出、Rust 预过滤与批处理 |
| 抗体-04.工具-06.IMGT-ANARCI-RIOT-抗体序列注释工具对比选型 | IMGT / ANARCI / RIOT 横向对比；输入输出、批处理、编号方案与场景选型 |
5. 方法文献（抗体-05.方法文献）
单篇方法论文深读（动机 · 实现细节 · 结果口径 · 局限）；与范式总览对照。
| 文件名 | 内容范围 |
|---|---|
| 抗体-05.方法文献-00.系列说明 | 收录边界、单篇体例、篇目清单与阅读顺序 |
| 抗体-05.方法文献-01.AntiBARTy-Diffusion性质引导抗体设计 | BART 潜空间 + 性质 CFG 扩散；溶解度用例深读 |
| 抗体-05.方法文献-02.AbDiffuser全原子抗体序列结构共设计 | APMixer + 物理投影与去噪先验；全原子共设计；HER2 体外 |
旁注：范式总览见 抗体-00.抗体亲和力改造发展范式。
6. 建议阅读顺序
1 | 入门： 抗体-00.入门-01（概念·分类·术语） |
7. 命名约定
| 模式 | 子系列 | 示例 |
|---|---|---|
抗体-00.入门-NN. |
入门 | 抗体-00.入门-01.抗体设计基础概念与分类术语 |
抗体-01.结构-NN. |
结构 | 抗体-01.结构-02.可变区结构 |
抗体-02.指标-NN. |
指标 | 抗体-02.指标-02.EC50与KD… |
抗体-03.互作-NN. |
互作 | 抗体-03.互作-01.抗体抗原互作原理介绍 |
抗体-04.工具-NN. |
工具 | 抗体-04.工具-01.抗体亲和力预测工具调研综述 |
抗体-05.方法文献-NN. |
方法文献 | 抗体-05.方法文献-01.AntiBARTy-Diffusion… |
抗体-00.文档索引 |
索引 | 本页 |
- 系列号（00–05）：对应各子系列；00 兼入门与索引/范式总览。
- 篇号（
-NN）：子系列内顺序编号。 - 配图：与文章同名的子文件夹（如
抗体-01.结构-02.可变区结构/fig01-…）；工具-02 含流程总览图 fig01–fig03。
8. 系列关系示意
1 | 抗体-00.入门 / 范式 ──► 概念与演进总览 |