bedtools是一个针对bed进行处理的工具，算是类似bwa一样，接触该行业不会陌生的一个软件。再次介绍一下bedtools的一些常用的功能。

单个bed文件的处理

对原始bed进行排序

1	bedtools sort -i BedPrePare/Pancancer_v2.bed > BedPrePare/Pancancer_v2.sort.bed

对原始bed区域进行合并(合并有交集的区域)

1	bedtools merge -i BedPrePare/Pancancer_v2.sort.bed > BedPrePare/Pancancer_v2.merge.bed

多个bed文件的处理处理

保留两个 bed 的交集部分

1	bedtools intersect -a Pancancer_v2.anno.Oldtrans.bed -b Pancancer_v2.anno.Newtrans.bed > old_new.overlap.bed

基于结构文件(-b)对原始bed区域进行注释,保留-b文件的注释列(-wb)

1	bedtools intersect -a BedPrePare/Pancancer_v2.merge.bed -b NCBI.gff2bed.bed -wb \| cut -f1-3,7-10 > BedPrePare/Pancancer_v2.anno.bed

评估相关基因的覆盖情况

1	bedtools intersect -b BedPrePare/Pancancer_v2.merge.bed -a NCBI.gff2bed.bed -wao > BedPrePare/Pancancer_v2.covercheck.bed

保留 -a文件的所有区域，并记录交集区域的注释信息
$ bedtools intersect -a WESv5withSafeRisk.bed -b GeneTranscript_RD_Tumor.NewTrans.20231109.bed -wao | head
chr1 65498 65638 chr1 65434 65519 OR4F5 NM_001005484.2 IU IVS1 + - 21
chr1 65498 65638 chr1 65565 65573 OR4F5 NM_001005484.2 C1 EX2 + - 8
chr1 65498 65638 chr1 65574 69036 OR4F5 NM_001005484.2 IC1 IVS2 + - 64
chr1 65498 65638 chr1 65520 65564 OR4F5 NM_001005484.2 5’UTR EX2 + - 44
chr1 69036 70008 chr1 69037 70008 OR4F5 NM_001005484.2 C2 EX3 + - 971
chr1 367648 368607 chr1 367659 368597 OR4F29 NM_001005221.2 C1 EX1 + - 938
chr1 564537 564657 . -1 -1 . . . . . . 0
chr1 621085 622044 chr1 621096 622034 OR4F16 NM_001005277.1 C1 EX1 - - 938

获得两个 bed 的差集, B(-b) 产品比 A(-A) 产品缺少的区域

1	bedtools subtract -a Pancancer_v2.anno.Oldtrans.bed -b Pancancer_v2.anno.Newtrans.bed > old.subtract.new.bed

bed文件的注释

使用参考基因组进行bed的注释

bedtools nuc -fi $hg19 -bed /jdfstj6/B2C_RD/liubo4/product/cWES/src/db/Hyper_ExMit_TR/cns_region_GRCh37_bychr/WESv5withSafeRisk.bed
# 结果前面几列是bed输入字段，后面是区域内各个碱基的情况统计结果，示例如下：
#1_usercol      2_usercol       3_usercol       4_pct_at        5_pct_gc        6_num_A 7_num_C 8_num_G 9_num_T 10_num_N        11_num_oth      12_seq_len
chr1    65498   65638   0.692857        0.307143        49      19      24      48      0       0       140
chr1    69036   70008   0.573045        0.426955        231     228     187     326     0       0       972
chr1    367648  368607  0.541189        0.458811        204     245     195     315     0       0       959
chr1    564537  564657  0.608333        0.391667        43      40      7       30      0       0       120