WDL - 撰写语法
版本和其他编程语法一样,WDL也存在不同版本间的语法差异,因此在使用WDL进行流程撰写时,需要明确参考的版本规范draft-3v1.0v1.1 截止202301,cromwell还不支持该版本。所以后文语法如无特殊标准,均基于 WDL v1.0 版本。
内置函数输入输出:stdout, stderr
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WDL - 撰写语法
版本和其他编程语法一样,WDL也存在不同版本间的语法差异,因此在使用WDL进行流程撰写时,需要明确参考的版本规范draft-3v1.0v1.1 截止202301,cromwell还不支持该版本。所以后文语法如无特殊标准,均基于 WDL v1.0 版本。
语法规则变量变量的类型,主要有以下几种:基础变
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WDL - 撰写语法
和其他编程语法一样,WDL也存在不同版本间的语法差异,因此在使用WDL进行流程撰写时,需要明确参考的版本规范所以后文语法如无特殊标准,本文想过内容均基于 WDL v1.0 版本。
变量类型基础变量(primitive types )12345Int i = 0
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WDL - 任务引擎
WDL 怎么运行执行引擎 CromwellCromwell 是 Broad Institute 开发的工作流管理引擎。具有如下的优势:
支持 WDL 和 CWL 两种工作流描述语言
多平台支持,包括本地服务器、SGE集群、云计算平台等
阿里云批量计算是官方支持的云平台之一
丰富的元数据,展示工作流
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WDL - 开发应用环境配置
工具插件Vim WDL 插件broadinstitute官方提供了在Vim环境下的WDL插件,提供基础的关键词、语法高亮等功能。其安装方式,可参考 https://github.com/broadinstitute/vim-wdl
VScode WDL 插件VScode也提供了WDL语言的插件。用户
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WDL - 架构简介
WDL 是 Workflow Description Language的缩写,有时也写作 Workflow Definition Language,是美国 Broad Institute 推出的工作流描述语言。从开发者及开发者赋予的名字中,我们就能看出WDL是一个面向生物信息/基因组学领域的专业的工
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注释软件的转录本选择
简介临床检测过程中,面对的一个比较复杂的问题,就是转录本的选择。
转录本的选择转录本的选择需要结合相关预期临床用途。目前华大相关产品的转录本选择方案参考文档: 肿瘤产品转录本选择管理规程文档仍在准备受控阶段,后续确定终板需要进行更新。
转录本切换评估方案构建结构注释bed文件首先基于新的转录本,构建
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基因注释软件-VEP
在使用VEP软件进行功能注释阶段,其实会发现存在部分注释结果和整体注释逻辑存在偏差。由于不清楚是认识的不足还是VEP本身代码存在Bug。因此对VEP的源码进行溯源核查。
相关疑似的问题
部分变异检测结果存在cHGVS,且cHGVS位于编码区,但是未输出pHGVS信息。
Chr
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E
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