天河二号作业调度系统简单使用 发表于 2018-12-07 | 分类于 任务调度 天河用户手册天河用户手册 现将天河2号的作业调度系统的简单使用方法记录于此: MPI天河2号默认使用mpich-3.2.1(使用icc-14.0.2 编译),是天河2号自主实现的mpi版本,具有较高的效率。 module 模块管理1234567module avail ... 阅读全文 »
下机数据(fastq)质控软件汇总 发表于 2018-11-19 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , software 下机数据质控,是NGS数据分析中的第一步,因此也是接触二代测序所必须学习的一部分,今天主要在这里记录下一些主流的数据质控软件,后续有时间,也可以考虑对这些数据进行一个系统的评估。 阅读全文 »
常用shell命令 - time 发表于 2018-10-08 | 分类于 Linux time是linux内置的一个计算统计任务运行时间的命令,同时还可以统计任务运行的内存、I/O资源。 阅读全文 »
参考基因组版本问题汇总 发表于 2018-07-11 | 分类于 知识沉淀 , 数据库 , NGS , 肿瘤检测 不同版本参考基因组的位置坐标转换在使用参考基因组时,经常会遇到一些版本的问题,比如使用注释文件和bed文件时,不同版本的位置坐标不能直接使用,这时候,我们就需要对坐标进行转换,这里记录下一些常用的坐标转换工具: 类型 支持格式 地址 推荐指数 Liftover 在线 bed http ... 阅读全文 »