snakemake介绍 发表于 2020-05-02 | 分类于 pipeline , framework , 编程拾慧 , 任务调度 , python snakemake分享pptSnakemake介绍官方文档 其他材料:blog: snakemake-vs-nextflowarticle: Sustainable data analysis with Snakemake 任务投递示例:1234567snakemake -s LowFreqCons ... 阅读全文 »
snakemake介绍 发表于 2020-05-02 | 分类于 pipeline , framework , 编程拾慧 , 任务调度 , python snakemake分享pptSnakemake介绍官方文档 bench通过 benchmark 指定输出文件,可以记录每个任务运行过程中所使用的计算资源。1234567rule Demo: input: ... output: ... conda: "en ... 阅读全文 »
SGE任务调度系统相关命令记录 发表于 2019-02-23 | 分类于 任务调度 , Linux http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/ http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/htmlman1/qstat.html?pathrev=V62u5_TAG sge系统管理命令队列信息查询 #### ... 阅读全文 »
天河二号作业调度系统简单使用 发表于 2018-12-07 | 分类于 任务调度 天河用户手册天河用户手册 现将天河2号的作业调度系统的简单使用方法记录于此: MPI天河2号默认使用mpich-3.2.1(使用icc-14.0.2 编译),是天河2号自主实现的mpi版本,具有较高的效率。 module 模块管理1234567module avail ... 阅读全文 »
爬虫学习记录-相关软件&包记录 发表于 2018-11-22 | 分类于 编程拾慧 , python 爬虫学习过程涉及的软件: 软件1. Python3.5.5整体爬虫代码的框架语言,所有Python程序及包均基于本版本。 2. chromeDriver模拟登陆chrome浏览器,驱动浏览器完成相关操作。 3.PhantomJS - 官方文档一个无界面的,可脚本编程的WebKit浏览器引擎,原生支持 ... 阅读全文 »
下机数据(fastq)质控软件汇总 发表于 2018-11-19 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , software 下机数据质控,是NGS数据分析中的第一步,因此也是接触二代测序所必须学习的一部分,今天主要在这里记录下一些主流的数据质控软件,后续有时间,也可以考虑对这些数据进行一个系统的评估。 阅读全文 »