Neo4j 属性图建模原则、适用与不适用场景、与关系型/文档库对照，以及生物信息与风控等领域建模示例。

面向 Argo Workflows 产生的 Kubernetes Pod，从速查命令到参数详解，覆盖启动、进入、暂停、关闭、日志与排障。

Neo4j 版本与架构概览、Docker/Desktop/Server 安装、Browser 初识与第一条 Cypher；系列第二篇，承接 01 图数据库概述。

介绍 BixBench、GenoTEX、BioCoder、LAB-Bench 四个生命科学相关评测基准的特点、数据格式与目录结构，便于 Agent 开发与模型选型时快速对照。

WDL 主框架代码片段，按维度组织，可选场景以注释形式提供。

Snakemake 主框架代码片段，按维度组织，可选场景以注释形式提供。

连锁不平衡（LD）矩阵的定义、数学形式与 AiCE 框架中的完整计算流程：蛋白 MSA → 伪 DNA → VCF → PLINK r²，及组合突变下游打分方法。

系统介绍氨基酸二级结构的定义、主要折叠形态（α-螺旋、β-折叠、转角与 loop）及其可视化；阐述在催化、结合、变构与膜定位中的生物学功能；辨析刚性/柔性的连续谱；并讨论其在理性进化与酶改造中的设计约束与突变策略。

文献《Advancing protein evolution with inverse folding models integrating structural and evolutionary constraints》解析：AiCE 框架在氨基酸突变设计中的核心指标、各指标预测方法与 AiCEsingle/AiCEmulti 双模块流程。

介绍 mkdssp（DSSP 4 命令行程序）的定位、输入输出、安装与典型工作流；澄清其基于三维坐标做二级结构注释而非从氨基酸序列直接预测，并给出与 PSIPRED 等序列预测器的选用建议。