Recommendations for the Use of in Silico Approaches for Next-Generation Sequencing Bioinformatic Pipeline Validation 发表于 2022-12-13 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 标准化 AMP发表的 使用计算机模拟方法进行NGS生物信息学流程性能验证的建议。 阅读全文 »
Highly aneuploid non-small cell lung cancer shows enhanced responsiveness to concurrent radiation and immune checkpoint blockade 发表于 2022-11-29 | 分类于 NGS , 文献 阅读全文 »
免疫组库 发表于 2022-11-03 | 分类于 知识沉淀 , NGS 概念什么是免疫组库从出生开始,人体每天都会受到大量外来物质的侵扰,但并不会每天得病。这是因为人类在演化的过程中,拥有了一套强大的免疫系统来对抗外来物质的入侵,这些物质称为抗原(Antigen)。免疫系统包括物理屏障、非特异性免疫、特异性免疫系统。T/B 细胞是特异性免疫系统的两大细胞群。免疫组库(i ... 阅读全文 »
cromwell SGE配置 发表于 2022-09-25 | 分类于 pipeline , framework , 编程拾慧 , 任务调度 , python 支持平台cromwell安装后可以直接进行单机,单节点的任务投递。1java -jar cromwell.jar run pipeline.wdl -i pipeline.json 但是 cromwell 不仅支持本地计算机任务调度,同时支持集群/云计算作业管理系统。cromwell针对包含 SGE ... 阅读全文 »
docker - 常用命令 - 查看日志 发表于 2022-09-22 | 分类于 pipeline , 镜像 , container Docker is a platform that allows you to “build, ship, and run any app, anywhere.” 阅读全文 »
概念解析 线程进程核心cpu 发表于 2022-09-19 | 分类于 知识沉淀 , IT 概念解析物理 cpu 数(physical cpu)指主板上实际插入的 cpu 硬件个数(socket)。(但是这一概念经常被泛泛的说成是 cpu 数,这很容易导致与 core 数,processor 数等概念混淆,所以此处强调是物理 cpu 数)。 由于在主板上引入多个 cpu 插槽需要更复杂的硬 ... 阅读全文 »