Database-GenomAD 发表于 2025-07-01 | 分类于 知识沉淀 , 数据库 GenomAD: Genome Aggregation Database 是由国际研究人员联盟开发的资源,目的是聚合和协调来自各种大型测序项目的外显子组和基因组测序数据,并向更广泛的科学界提供汇总数据。v4 数据集 (GRCh38) 涵盖 730,947 个外显子组序列和 76,215 个全基因组序 ... 阅读全文 »
Obsidian-常用插件 发表于 2025-04-15 | 分类于 备忘录 官方仓库 代码切页 Obsidian-CodeBlock-Tabs提供代码块的tab标签切页功能 obsidian-excel-to-markdown-table表格自动转markdown格式 advanced-tables-obsidianmarkdown中的表格操作插件 Excalidra ... 阅读全文 »
RAG-本地部署实践 发表于 2025-04-12 | 分类于 LLM , RAG tinyRAG 一个手搓实现项目,使用代码,从底层实现了一个 RAG 框架,包含如何进行文档的分块,向量化,建库,基于提问如何在向量库中检索相关的文本块,然后将文本块作为上下文嵌入到prompt中,然后更新问题(加入参考信息)给LLM进行回答。其中的不管是文本导入,文档分块,向量化,数据库中知识块的 ... 阅读全文 »
RAG-本地部署时间 发表于 2025-04-12 | 分类于 LLM , RAG tinyRAG 一个手搓实现项目,使用代码,从底层实现了一个 RAG 框架,包含如何进行文档的分块,向量化,建库,基于提问如何在向量库中检索相关的文本块,然后将文本块作为上下文嵌入到prompt中,然后更新问题(加入参考信息)给LLM进行回答。其中的不管是文本导入,文档分块,向量化,数据库中知识块的 ... 阅读全文 »
引物设计相关工具-Primer3 发表于 2025-04-11 | 分类于 引物设计 Primer3:Tm/最近邻自由能、惩罚函数与搜索流程(公式级示意)、Mermaid 示意图;本地与 API、手册与局限性。 阅读全文 »
pipeline-container-Singularity-常用命令 发表于 2025-03-14 | 分类于 Tobeinsert 运行一个镜像启动服务1singularity instance mysql 查询容器列表1singularity instance list 输出示例如下: 123INSTANCE NAME PID IP IMAGEtest1 1234 ... 阅读全文 »
pipeline-frameworks-cromwell-03.数据库配置 发表于 2025-03-12 | 分类于 Tobeinsert mysql 镜像获取https://github.com/PSC-PublicHealth/mysql-singularity-container/blob/master/README.md 启动singularity 服务一次执行如下shell sh instance.sh 123456#! ... 阅读全文 »
文档解析-pdf文档解析 发表于 2025-02-26 | 分类于 Tobeinsert PP-DocLayoutPP-DocLayout 系列提供了三个不同尺度的模型 高精度模型:PP-DocLayout-L,GPU 上每个页面端到端推理耗时 13.4 ms 精度和效率均衡模型:PP-DocLayout-M,GPU 上每个页面端到端推理耗时 12.7ms 高效率模型:PP-DocLa ... 阅读全文 »