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常用数据库 - HGNC

发表于 2022-02-24 | 分类于 知识沉淀 , 数据库
不同数据库对基因的命名五花八门,因此基因名称的标准化非常必要
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常用数据库-dbNSFP

发表于 2022-02-24 | 分类于 知识沉淀 , 数据库
dbNSFP is a database developed for functional prediction and annotation of all potential non-synonymous single-nucleotide variants (nsSNVs) in the human genome.
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常用数据库-Uniprot

发表于 2022-02-24 | 分类于 知识沉淀 , 数据库
The mission of UniProt is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.
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math-百分位数的计算说明

发表于 2022-02-20 | 分类于 知识沉淀
定义统计学术语,如果将一组数据从小到大排序,并计算相应的累计百分位,则某一百分位所对应数据的值就称为这一百分位的百分位数。可表示为:一组n个观测值按数值大小排列。如,处于p%位置的值称第p百分位数。 说明一:用99个数值或99个点,将按大小顺序排列的观测值划分为100个等分,则这99个数值或99个 ...
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Survival Analysis

发表于 2022-02-07 | 分类于 知识沉淀 , NGS , 肿瘤检测 , 缩略语
知其然知其所以然,了解原理,才能更好的进行后期的应用。
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肿瘤体系检测过程中的胚系过滤方案

发表于 2022-01-20 | 分类于 NGS , 标准化 , 变异检测
在肿瘤分析中,很多研究都是针对体系变异进行的研究,这样发现的一些特异性变异可以更好的作为一些治疗方案的靶点,使得相应的治疗手段可以定向杀死肿瘤细,而不会影响正常细胞。但是肿瘤检测尝尝表现出极大的复杂性。检测结果中,也不是完全没有(0%)、杂合(50%)、纯合(100%)这种界限分明的划分。因此在配对样本检测过程中,如何有效的区分体系变异和胚系变异成为一个重要的话题。
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解读癌症研究的里程碑文献:Hallmarks of Cancer

发表于 2022-01-14 | 分类于 NGS , 文献
概述2000年1月7日,瑞士Agora转化癌症研究中心的Douglas Hanahan教授和麻省理工学院的Robert A Weinberg教授在Cell杂志合作发表了一篇开创性综述“Hallmarks of Cancer”[1],该综述的发表改变了以往对癌症研究的散乱认知,将众多艰涩难懂的概念归纳 ...
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顺反式突变

发表于 2022-01-10 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 标准化
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NGS检测相关缩略语说明表

发表于 2022-01-10 | 分类于 知识沉淀 , NGS , 肿瘤检测 , 缩略语
NGS检测相关实验方向 缩略语 全称 含义说明 PEC 延伸型探针捕获(Probe Extension Capture) 一种先使探针与目标区域上游结合,然后以探针为引物通过PCR延伸获取目标区域DNA序列的捕获技术。 PE测序 双端(Pair-End)测序 - 。 信息分析方 ...
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靶向测序策略-扩增法和杂交捕获

发表于 2022-01-10 | 分类于 NGS , 肿瘤检测
NGS技术正逐年成熟,这使得全基因组测序的成本越来越低,但是对全基因组进行测序后得到的极其庞大、繁杂的数据量的分析工作并没有随之一起变得更加简单,恰恰相反,更高的测序深度反而导致最后的数据量变得更加庞大了,分析工作也变得更加困难。于是,测序技术的发展出现了两个极端的方向:一种是大而全的全基因组测序, ...
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