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查看系统信息命令

发表于 2022-09-12 | 分类于 Linux
记录一些常用的shell命令
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Linux-环境配置-底层库

发表于 2022-09-12 | 分类于 Linux
记录一些常用的shell命令
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CNV检测-CNVKit

发表于 2022-09-09 | 分类于 NGS , software , 编程拾慧 , python , Linux
Detection of Exon Copy Number variants (DECoN) 是一款CNV检测工具,适用于exon-based的panel测序,可以识别single exon CNV
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Cancer statistics, 2022

发表于 2022-08-31 | 分类于 NGS , 文献
参考文献Cancer incidence and mortality in China, 2016Latest global cancer data: Cancer burden rises to 19.3 million new cases and 10.0 million cancer deat ...
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seqkit

发表于 2022-08-27 | 分类于 NGS , software , Linux
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NGS数据去重/压缩

发表于 2022-08-27 | 分类于 NGS , software , Linux
由于NGS上游实验过程中,会进行PCR(该过程会引入Duplication),因此在下游对duplication的处理非常重要,可能会影响整体的检测结果。早期的MarkDup,存在主流的GATK、Picard等软件,但是随着临床低频检测的需求出现,UMI技术逐步成为低频检测的主流。而在UMI的应用下,Duplication这部分信息的利用进入了大家的视野。但是目前进行数据压缩的软件还未形成业内的公识,所以调研汇总一些。
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捕获探针

发表于 2022-08-15 | 分类于 行业公司 , 供应商
IDT官网:简介:相关业务备注: Agilent官网:简介:相关业务备注: TWIST官网:简介:相关业务备注: ROCHE官网:简介:相关业务备注: 艾吉泰康官网:简介:相关业务备注: 迈基诺官网:简介:相关业务备注: 影子基因官网:www.yingzigene.com简介:相关业务备注: 何因官 ...
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建库试剂盒供应商

发表于 2022-08-15 | 分类于 行业公司 , 供应商
诺唯赞VAHTS Universal Pro DNA Library Prep Kit for MGI产品优势 高效修复DNA损伤: 有效修复碱基损伤、切刻、缺口和3’端封闭等问题 建库效率高: 文库转化率和扩增产出双提升 模板兼容性广: 兼容 gDNA,FFPE DNA,cfDNA,Amplico ...
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NGS-重测序常见的可视化方案

发表于 2022-08-14 | 分类于 NGS , 变异检测
NGS检测过程中,尤其是临床医学应用过程中,一些检测为了确保结果的可靠性,需要具备相关技能的人员对检测结果进行审核。为了提高人工审核的效率,在提高检测结果尽可能自动化的同时,提高检测结果的可视化展示,提高审核的便捷度。
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LoD LoB LoQ

发表于 2022-08-02 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 标准化
目前LOB、LoD概念整体上已经基本达成共识,但是在具体概念细节上,其实还是存在一些会引发歧义的内容。因此在展示LOB指标的时候,还是尽量在结果展示阶段,说明具体的计算方法或参考资料。以避免引起一些不必要的问题。 Limit of Blank (LoB)A blank sample was defi ...
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