Perl脚本的调试 发表于 2018-04-05 | 分类于 编程拾慧 , Perl 编程中错误不可避免,调试能够帮助我们发现有问题的代码段。在网上看了一下Perl脚本调试,发现其实很多东西并不需要,而且那么多也没人看。 下面简单整理一下。 1.进入debug。 使用-d,进入debug状态。例:perl -d Perl程序名称。 2.设置断点 b:设置断点。例:b 行号; c:程序 ... 阅读全文 »
Perl包:Statistics_Descriptive 数据统计 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 模块名: Statistics::Descriptive 使用方法简介构建对象12use Statistics::Descriptivemy $stat = Statistics::Descriptive::Full->new(); 导入数据12$stat->add_data(@a); ... 阅读全文 »
Perl包:包安装工具-CPAN 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 镜像配置几个主要的CPAN站点有: 国内: ftp://freesoft.cgi.gov.cn/pub/languages/perl/CPAN http://cpan.qz.fj.cn/ 国外: http://www.cpan.org/ http://www.perl ... 阅读全文 »
Perl包:包管理常用命令 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 包查询列出所有系统中已经安装的perl模块可以通过以下三种方式,查询系统中已经安装的所有perl模块 12345perldoc perllocalinstmodsh # 显示模块find `perl -e 'print "@INC"'` -name '*.pm' #显示模块对应的集群目录 查询单 ... 阅读全文 »
测序数据库-SRA 发表于 2017-01-22 | 分类于 知识沉淀 , 数据库 工作需要对针对动物,植物,微生物的划分进行去除;将目前的动物,植物.微生物三个高通量测序数据库进行整合;合并为一个数据库 高通量测序数据库。 阅读全文 »
生信相关公共数据库 发表于 2017-01-19 | 分类于 index , 知识沉淀 , 数据库 整体数据库列表|数据库|地址|简介||-|-|-||TCGA-GDC|https://portal.gdc.cancer.gov/|TCGA官网||GEPIA|http://gepia.cancer-pku.cn/|包含TCGA和GTEx|的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据 ... 阅读全文 »
生信相关软件索引 发表于 2017-01-19 | 分类于 index , NGS , software 常见文件格式 终端软件 下机数据质控 SOAPNuke 变异检测 功能软件 安装 bcftools 1.2, htslib-1.2.1, tabix12345678wget https://github.com/samtools/bcftools/relea ... 阅读全文 »