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基于靶标指导乳腺癌精准治疗标志物临床应用专家共识(2022版)

发表于 2021-06-20 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 共识 , 乳腺癌
原文链接 专家共识:建议采用标准流程检测乳腺原发灶和转移灶ER、PR、HER2及Ki67,根据临床分型进行预后判断和指导分类治疗,并将生物学标志物纳入TNM分期系统中,以进一步提高分期系统的精确性。新的“复旦四分型”用于指导精准分类治疗有待更大样本的基于我国人群的临床试验验证。 专家共识:建议将C ...
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流程管理规范

发表于 2021-06-20 | 分类于 知识沉淀
历史材料流程管理优化.pptx 流程版本号规范结合目前肿瘤事业部落地推广的版本管理规范,进行介绍。流程版本号,共计4位。( v主版本号 . 子版本号 . 阶段版本号. 修正版本号 )上级版本号升级时,所有下级版本号均需归为初始状态(0) 主版本号表示在软件或项目发生重大变更或功能修改时递增。当出现 ...
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共识-肿瘤二代测序临床报告解读共识

发表于 2021-06-05 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 共识
参考原文循证医学官网:肿瘤二代测序临床报告解读共识肿瘤二代测序临床报告解读共识.pdf随着新型治疗药物的研发以及多学科综合治疗模式的优化,传统的病理分型及检测方法已经不足以满足临床需求,二代测序(next generation sequencing,NGS)已成为中国肿瘤医生常用的检测手段。为进一步 ...
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肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020年版)

发表于 2021-06-05 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 共识
共识原文链接2020.10 肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020年版)肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)作为一个新兴的生物标志物,在预测肿瘤免疫治疗疗效中的作用越来越受到重视。目前 TMB 的检测方法主要是基于高通量测序平台的全外显子测序和靶向 Pan ...
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Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants

发表于 2021-02-19 | 分类于 NGS , 标准化 , 遗传分析
ACMG发布的遗传变异分类标准与指南
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Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer

发表于 2021-02-19 | 分类于 NGS , 标准化 , 遗传分析
肿瘤体系系变异解读指南
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Python-包-python-pptx生成PPT

发表于 2021-02-10 | 分类于 编程拾慧 , python
简介处于某些上下游对接需求,所以需要频繁的将生信的分析结果整理成PPT文件,以便进行结果的展示。所以基于该模块可以更方便的在集群上自动化生成相关的文档示例,用于进行后续的处理。使用python操作PPT,需要使用的模块就是python-pptx,下面来对该模块做一个简单的介绍。这里提前做一个说明:p ...
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Characterization and mitigation of fragmentation enzyme-induced dual stranded artifacts

发表于 2020-10-02 | 分类于 NGS , 肿瘤检测 , 文献
DNA片段化是基于杂交捕获的短读长测序文库制备过程中的基本步骤。文库制备包括DNA片段化过程中引入的错误,会显著影响下游的分析,并直接导致假阳性和假阴性的增加。目前主流的DNA片段化方法有两种: 基于超声波进行的物理打断,(超声打断本身比较昂贵(仪器上万)和耗时(每个样本几分钟),但是会带来一些样本 ...
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snakemake介绍

发表于 2020-05-02 | 分类于 pipeline , framework , 编程拾慧 , 任务调度 , python
snakemake分享pptSnakemake介绍官方文档其他材料:blog: snakemake-vs-nextflowarticle: Sustainable data analysis with Snakemake 任务投递示例: 1234567snakemake -s LowFreqCons ...
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snakemake介绍

发表于 2020-05-02 | 分类于 pipeline , framework , 编程拾慧 , 任务调度 , python
snakemake分享pptSnakemake介绍官方文档 bench通过 benchmark 指定输出文件,可以记录每个任务运行过程中所使用的计算资源。 1234567rule Demo: input: ... output: ... conda: "e ...
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